「海外から食品や植物、肉製品を輸入したいけれど、動物検疫・植物検疫・食品届出・税関……一体どこから手をつければいいの？」
初めて輸入ビジネスに挑戦しようとしている皆様、こんにちは。
食品や動植物の輸入手続きを専門にサポートしている行政書士です。
輸入の手続きを調べ始めると、似たような名前の機関が次々と出てきて、「どれが何をするところなの？」と混乱してしまう方は非常に多いです。
でも、この関係性を正しく理解していないと、せっかく日本に届いた貨物が港でストップしてしまったり、最悪の場合は破棄せざるを得なくなったりするリスクがあります。
この記事を読むことで、複雑に絡み合う各機関の役割と、手続きの「正しい順番」が明確になります。
無駄なタイムロスやコストを抑えて、スムーズな通関を実現できるようになります。
まずは、この記事のポイントを確認しましょう。
【この記事でわかること】
✔ 動植物検疫・食品届出・税関の「リレー形式」の順番
✔ 「農林水産省」と「厚生労働省」が、それぞれ何をチェックするかの違い
✔ 税関が「最後の門番」として、他の法令の合格を確認する仕組み
１．結論：検疫→食品届の順です
結論から申し上げます。
食品・動物・植物の輸入手続きは、次の順番で進める必要があります。
①動物検疫・植物検疫 → ②食品等輸入届出 → ③税関への輸入申告
要するに、「農林水産省」→「厚生労働省」→「税関（財務省）」という3段階のリレーです。
最終的に輸入を許可するのは「税関」ですが、税関はその前段階で各機関が発行する「合格証」や「届出済証」が揃っているかを確認します。
これがなければ、どれだけ関税を払う準備ができていても、輸入は許可されません。
この「他法令の確認」という仕組みが、食品輸入の最も重要なポイントです。
２．概要・手続きの流れ
■ 概要：各機関は「何のため」にチェックしているのか
それぞれの機関が「何のために」チェックをしているのかを知ると、全体像が把握しやすくなります。
1．動物検疫・植物検疫（農林水産省）
――「日本の農林水産業を守る」ための検査
家畜の伝染病や、植物の病害虫が日本に入り込むのを防ぐための検査です。
対象となる主な品目は以下の通りです。
動物検疫の対象：肉・肉製品（ハム・ソーセージなど）・乳製品
植物検疫の対象：野菜・果実・穀類・豆類・未焙煎のコーヒー豆 など
日本の農林水産業を守るための、非常に厳しい水際対策です。
2．食品等輸入届出（厚生労働省）
――「人が食べて安全か」を確認する審査
食品衛生法に基づいて、「人間が食べても安全か」という観点から審査が行われます。
具体的には、添加物・残留農薬・有毒物質が基準を超えていないかどうかを確認します。
販売や営業を目的とする場合は、たとえ少量のサンプルであっても届出が必要です。
3．税関（財務省）
――すべての手続きの「最後の関門」
関税・消費税を徴収するとともに、その貨物が他のすべての法律（検疫・食品衛生法など）をクリアしているかを確認します。
税関は手続きの「最後の関門」であり、前の2つのステップが終わっていないと申告を受け付けてもらえません。
■ 手続きの流れ：4つのステップ
貨物が日本に到着してから輸入許可が出るまでの、具体的な流れを説明します。
ステップ1：貨物の到着と「保税地域」への搬入
船や航空機で届いた貨物は、まず「保税地域」に運ばれます。
「保税地域」とは、まだ関税を払っていない貨物を一時的に保管しておく場所のことです。
要するに、手続きが終わるまで待機するエリアです。
ステップ2：動植物検疫（対象品目のみ）
最初に行うのが農林水産省（動物検疫所または植物防疫所）への申請です。
輸出国の政府機関が発行した「検査証明書」などを提出し、検査を受けます。
問題がなければ「合格証明書」が発行され、次のステップに進めます。
ステップ3：食品等輸入届出書
次に、厚生労働省の検疫所に「食品等輸入届出書」を提出します。
ステップ2で動植物検疫を受けた品目については、その結果も踏まえて審査されます。
問題がなければ「食品等輸入届出済証」が交付されます。
ステップ4：税関への輸入申告（通関）
合格証・届出済証がすべて揃って、初めて税関に「輸入申告」を行えます。
税関はこれらの書類を確認し、関税・消費税の納付を確認した上で「輸入許可」を出します。
この許可が下りた時点で、ようやく貨物を国内に持ち込むことができます。
３．よくあるミス・注意点
初心者の方がつまずきやすいポイントをまとめました。
事前に把握しておくことで、多くのトラブルを防ぐことができます。
【ミス①】輸出国発行の証明書（原本）が手元にない
動物検疫・植物検疫では、輸出国の政府機関が発行した検査証明書の原本が必ず必要です。
この書類がなければ、原則として検査を受けることすらできず、積戻し（そのまま輸出国に返送すること）や破棄を命じられることになります。
輸出先のメーカーや輸出者に対して、早めに手配を依頼しておくことが重要です。
【ミス②】輸入禁止・輸入停止の品目を事前に確認していない
特定の国からの肉製品や、土が付着した植物などは、法律で輸入が禁止されているものがあります。
日本に貨物が届いてから気づいても手遅れになるため、必ず事前に「輸入条件データベース（農林水産省・厚生労働省）」などで確認しておきましょう。
【ミス③】「リレーの順番」を飛ばして税関申告を先に行おうとする
検疫の結果を待たずに税関申告をしようとしても、税関は受け付けてくれません。
各機関への申請にはそれぞれ審査時間がかかります。余裕を持ったスケジュール管理が欠かせません。
【ミス④】日本語ラベルの準備が間に合っていない
輸入許可が下りた後、国内で販売するためには食品表示法に基づいた日本語ラベルを貼る必要があります。
輸入許可が下りてから慌てて準備を始めると、販売開始が大幅に遅れる原因になります。
ラベルの内容は事前に確認・準備しておきましょう。
まとめ
いかがでしたでしょうか？
食品・動物・植物の輸入は、農林水産省・厚生労働省・税関という3つの機関を順番にクリアしていく「リレー」のようなものです。
それぞれの機関がチェックする目的が異なるため、必要な書類や審査のポイントも多岐にわたります。
「自分が扱いたい商品が、どの検疫に該当するのかわからない」
「輸出国のメーカーに、どんな証明書を依頼すればいいか不安」
「複雑な書類作成をプロに任せて、本業に集中したい」
そんな時は、ぜひ専門家である行政書士にご相談ください。
当事務所では、輸入前の適合性調査から、各検疫所への申請代行、日本語ラベルに関するアドバイスまで、貴社の輸入ビジネスが安全かつ最短ルートで動き出せるよう全力でサポートいたします。
複雑な輸入手続きを、確かな安心に変えるお手伝いをいたします。
食品・動植物の輸入手続きでお困りの際は、お気軽にご相談ください。
皆様の新しい挑戦が、日本の食卓や産業を彩るすばらしい一歩となることを、心より応援しております。
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